Müslüm Elma, 12 Eylül 1980’de gerçekleştirilen Askeri Darbe’de Diyarbakır/Amed’te tutuklanmıştır. Antep, Adana, Elazığ ve Diyarbakır zindanlarında altı ay boyunca en vahşi işkencelere maruz kalmıştır. Diyarbakır’da ünlü E Tipi cezaevinde tutuklu kalmıştır. 1984’te iki ay süren bir açlık grevine katılmıştır. Müslüm Elma ,ömrünün 22 yılını Türkiye cezaevlerinde geçirmiştir. Tutukluluk dönemi kendisinde kalıcı sağlık hasarları bırakmıştır. Bunlardan kaynaklı ve aksi takdirde hayati tehlike sözkonusu olmasından dolayı 2002 ‘de cezaevinden tahliye edilmiştir.
Müslüm Elma, 5 buçuk yılı aşkın göz altı süresinden sonra kararın ilan edildiği gün tutuklama kararının kaldırılmasıyla serbest bırakıldı.